“座头市”三年前误杀了一个男子“吉藏”，因而来到上州的板仓村时想去吉藏之墓上一炷香。板仓村因为连续三年欠收，无法上缴年贡，好不容易全村筹出了三千两年贡要送缴“代官”时，竟然遇上不明的抢匪，三千两年贡就这样不见了…… 　　而吉藏的妹妹“千代”因为及想对“市”报仇，便跟村民说“市”的嫌疑最大，再加上当地的黑道“国定忠治”一家目前在逃亡中，村民也怀疑是“国定”所为。为了自己和“国定”老大的清白，“座头市”决定前往赤城山找寻“国定”老大……

为了祭奠死于自己手中的人，座头市继续在四国的札所一带游历。路途中被骑着马的荣五郎袭击，结果座头市又一次开了杀戒。痛心疾首的市前去拜访了荣五郎的妹妹小吉，却被知晓了前因后果的小吉挥刀相向。市心甘情愿地挨了一刀。小吉原本心地善良，便照顾起被自己所伤的市，又告诉市关于荣五郎为了还债而受命前去刺杀他的事情。

甲州の宿場外れで功名心に燃えた旅のやくざ清六から、鉄砲で射たれた座頭市は、彼を救い治療費までおいて行った名も知らぬ恩人を追って鰍沢へと旅発った。鰍沢は富士川を挟んで、津向の文吉と竹屋の安五郎が対立していた。文吉は、今年も河原で花火をあげて近在の人々を喜ばせようと、江戸の花火師久兵衛を招き、姉娘お国を迎えにやったのだが、市を救ったのはこのお国であった。鰍沢についてこれを知った市は、お国に厚く礼を言い、自分はしがない按摩として文吉の家に厄介になった。吃安と仇名...

第九作 　　眠狂四郎（市川雷蔵）は、闕所物奉行?朝比奈修理亮（金子信雄）から京都御所へ運ぶ献上品の警護を懇願されたが、それを拒否する。だが、狂四郎は余命いくばくもない姉が京都の尼寺にいることを聞きつけ、京都へと向かった。一方、江戸を旅立った献上品警護の一行は、三枝右近（成田三樹夫）を首領とする隠れキリシタンの一派?黒指党の襲撃を受けた。彼らが宝物と崇める南蛮渡来の純金のクルスを奪還するためであった。さらに、黒指党は二人の女を使って狂四郎を狙う！

第十二作 　　江戸城大奥では、将軍の子を身ごもった二人の女、側室の環（行友圭子）とお千加の方（松尾嘉代）の権力争いが繰り広げられていた。そして大目付の板倉将監（小池朝雄）と組んだ大奥総取締役の錦小路（久保菜穂子）の企てで、敵対する人間が次々と殺され、それは眠狂四郎の仕業として広められた。そのため、江戸市中では、眠狂四郎が血と女に狂ってしまったと大騒ぎになっていた。そんなある日、狂四郎は白昼堂々、お庭番の集団の襲撃を受け、これを退けるが、その帰路で出くわし...

狂四郎はある朝浜町河岸に横たえられた、全裸の美女二人の死体を見た。鳥蔵と名乗る男はそれが、大奥の中臈?綾路と、お半下女中の美乃であると狂四郎に告げた。だがその烏蔵は隠れ切支丹の科で役人に捕えられた。この頃江戸では、豪商備前屋が、金力を武器に、老中水野忠成を抱き込み、大奥の女達に秘かに麻片を送っていた。浜町河岸の死体は、残忍な菊姫に麻薬責めにされ殺されたのだった。そして菊姫は鳥蔵の妹小鈴に、兄を救う手段と称して、牢内のバテレン、ヨハネス?セルディニイを誘惑さ...