一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，而成为了指挥官，与朋友们一起来到了数码世界中，在那里认识了众多的数码兽同伴。然而他们将要担负起拯救数码世界的重任。为了防止企图称霸数码世界的巴古拉军而努力的收集著各个领域的水晶，令他们意想不到的是在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着…

999年，由于数码世界资料异常增生，导致数码世界和现实世界的连接发生紊乱。地球上相应地出现奇怪的自然现象：东南亚没有下雨，池塘全部干涸；中东却因为连场大雨发生洪水，美国则遇到有史以来最寒冷的冬天，日本则突降大雪。少年八神太一和他的6个伙伴们一起参加了夏令营，却神奇来到的数码世界。太一的妹妹小光因感冒没去夏令营，在后来加入他们，一共八人，与各自的数码宝贝相认并开始了一次一次的冒险。