父亲突然去世，正就读高中的女孩木村初实随母亲惠子搬到了之前在郊外预定的新房子居住。惠子是一名干练独立的律师，因此日常无瑕过多照顾初实的起居，顾忌到上下学的安全，惠子要求女儿及早停止田径部的活动，这让初实内心有如打翻了五味瓶一般。这天早晨，初实偶然结识了处理垃圾的青年野口隆太郎。隆太郎没有父母，从小在孤儿院长大，他独自一人艰难前行，而初实的出现似乎给了他别样的感觉。两个有着不同背景的年轻人建立了纯洁的友情，然而惠子严格的家教却让两个年轻人之间出现了波折和裂痕...

经过与一十一（神木隆之介 饰）的恶战，濑文焚流（加濑亮 饰）身受重伤，命几不保。在此期间，青池里子（栗山千明 饰）随女儿小润（森山树 饰）悄然离开医院；而各国政要的一次关于简单计划的秘密会议上，自称卑弥呼的日本代表抹杀所有人，他代表SPEC持有者正式向普通人类宣战。世态险恶的当下，濑文急急出院，和当麻纱绫（户田惠梨香 饰）一同调查青池母女的行踪。而野野村组长（龙雷太 饰）则独自行动，查找简单计划病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登场，残酷的杀戮却从未停...

神秘的沙尼达尔之花，在美丽女性的胸口恣意绽放。将花朵取下并提取有效养分之后，可以制成效果极其明显的特效药。一家名为“沙尼达尔”的机构随之建立，该机构从全国各地网罗来那些为数极少的可以培育沙尼达尔之花的...

进入正化年间（始自1989年），为了改善混乱堕落的社会风气，日本政府颁布《媒体良化法》，并成立特殊部门对所有可能影响世人身心健康的书籍进行查封与销毁。可与此同时，言论自由也遭到粗暴遏制和打压。为了捍卫自由思想，名为“图书馆自卫组织图书队”的组织应运而生，他们为了保护书籍拿起武器，许多人为此献出生命。高中时代曾被视为“王子大人”的图书队员相助，热血女孩笠原郁（荣仓奈奈 饰）决意加入图书队，可是负责训练她的二等图书正堂上笃（冈田准一 饰）似乎总有意刁难笠原，而...