18世纪后半叶，日本东北地区的一座村庄因为低温而出现了食物短缺的状况。一位叫凛（山田杏奈 饰）的少女即便受村人蔑视，仍旧不屈地活着。她在苦难的生活中，听说早池峰山中住着能够原谅罪人的女神，于是向其祷告，决意要坚毅地在山中生存下去。

科学家创造了两栖超级士兵并引爆了一枚核弹。在余波中，一个怪物来到了日本，使日本毫无防备。人类唯一的希望是一个心中充满死亡的水妖。