明治政府建立二十余年，新时代虽已来临，却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中，战争的阴影仍笼罩在日本的上空。 　　当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定：弥彦成长为正直善良的剑客；左之助也少却了青春孟浪，变得沧桑；剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下，誓要成为绝世高手，却与父亲分外隔膜；剑心接受政府的任务赶赴大陆战场，为了赎回前半生...

　　宇宙から飛来してきた「M34」 ―人間がモンスターになってしまう恐怖のウィルス―によって、地球はその平和を犯されつつあった。事態を重く見た国連は、秘密裏に「CURE」を設立し、情報操作と感染者の駆除を行っていた。 　　その中核をなすナノテクノロジーによる人体強化兵部隊「NOA(ノア)」のエース：田宮ユウジは、月明かりの晩、不思議な美少女：アイと出会う。お互いにシンパシーを...